No ENEM de 2009, a cidade de São João de Meriti teve alguns colégios que lutaram bravamente por um lugar ao sol. Confira abaixo as escolas mais bem posicionadas no ENEM de 2009 na cidade: 

  Instituição Tipo Média total Posição
Baixada RJ Brasil
1 Colégio Santa Maria Particular 60,78 12 241 1909
2 Colégio Saint Peter Particular 54 30 437 4336
3 Centro Educacional Fluminense de Meriti Particular 53,72 31 448 4467
4 Complexo Educacional Vilar dos Telles Particular 51,81 41 545 5566
5 Centro Educacional Armando Fajardo Particular 51,09 48 588 6114
6 Centro Educacional José de Anchieta Particular 50,82 51 611 6377
7 Complexo Educacional Vilar dos Teles Particular 50,79 52 613 6400
8 CIEP Brizolão 179 Prof. Claudio Gama/I.E.Moyses Estadual 49,27 66 725 8090
9 INST MARTIN LUTHER KING Particular 48,79 71 766 8796
10 CURSO FLAMA VESTIBULARES LTDA. Particular 48,54 75 789 9194

Fonte: INEP/MEC – Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM)

As melhores escolas da cidade são disparadamente as particulares, que dominam nove das dez primeiras posições.

Conhecido como Instituto de Formação de Professores, o CIEP 179 se destaca entre os estaduais: única escola pública entre as dez melhores. Oferece uma formação de quatro anos para seus alunos, que se tornam especializados na educação infantil. No último ENEM, teve 463 matrículas para a prova, mas somente 169 alunos se apresentaram. O Brizolão Professor Claudio Gama se localiza na Estrada São João Caxias, 122 – próximo ao Shopping Grande Rio e às margens da Avenida Presidente Dutra.

São João de Meriti não tem nenhuma entidade de ensino entre as 100 piores escolas do Estado do Rio de Janeiro.